沸石重要的特性之一是去除氨(NH3)和銨(NH4+)。在水產養殖中，氨對魚類的毒性很大，少量的氨就會導致疾病和生長抑制。高濃度的氨對魚來說是致命的。在游泳池中，銨離子被游泳者帶入水中。它經常與游離氯反應形成氯胺。它們對眼睛和皮膚有刺激性。

天然沸石通過離子交換和更高濃度的吸附去除銨離子。廢水中存在的銨離子被交換為鈉離子。沸石對銨的動態容量約為0.9meq/g。

在游泳池中更換沸石很簡單：去除舊介質并用沸石填充過濾器至指定高度。無需更改容器、閥門或管道。水的pH值應保持在7.2–7.6。除植絨劑外，化學品應在過濾后添加。在操作期間，將觀察到化學品消耗量的減少。由于沸石的納污量大，反洗次數減少，從而節水。沸石的特點是純度高。由于其高度多孔的結構，沸石的密度遠低于沙子，因此按重量計算需要的沸石更少。沸石的使用可降低氯的消耗量并改善游泳池的游泳環境。

沸石對重金屬的吸附在很大程度上類似于去除氨。不同重金屬的個別動態吸附容量為：

Fe?2+1.0毫克當量/克；鋅2+1.1毫克當量/克；鎳2+1.0毫克當量/克；鎘2+1.0毫克當量/克；鉛2+1.2毫克當量/克；銅2+1.0毫克當量/克。

如果廢水中存在多種不同的陽離子，由于不同陽離子之間的競爭，每個離子的吸附能力將降低。吸附將取決于沸石對不同離子的相對選擇性、水的組成和溫度。相對選擇性由水合直徑、離子的電荷和遷移率決定。這種特性使沸石能夠將水中存在的有害離子交換為其結構中存在的無害離子。

內表面的結構使沸石適合作為好氧和厭氧生物廢物處理裝置中的載體材料。使用它們的一個進步是許多被細菌代謝的物質也被沸石吸附。這會導致例如銨從一開始就被去除，因此不必等到穩定的細菌柱形成。此外，沸石還充當銨離子的緩沖劑；在大量氨產生的情況下，部分氨被沸石吸附，如果氨濃度低，細菌代謝部分吸附的氨。

沸石可吸附多種有機物質。這種礦物質對極性有機成分（例如氯化烴）具有最大的親和力。根據分子的直徑，它們要么被吸附在微孔中，要么被吸附在中孔中，其吸附容量很大程度上取決于進行吸附的環境。

由于沸石是粒狀材料，固體和懸浮顆粒被困在顆粒之間，其規則的多孔結構還導致從水中去除有機和礦物來源的膠體顆粒，去除固體顆粒的能力比同等粒度分布的沙子的去除能力高出45%。